不知道应该祝贺楼主还是替楼主感到难过？！
因为这个系统多灾多难，出的问题又稀奇古怪，给楼主提供了一个极好的实践、提高的机会。
我认为：
（楼主前面叙述的）
1、30多米距离电缆混合布线；
2、模拟量信号连接的不规范；
3、数据内部滤波及纠错处理程序不完善；
4、变频器进出口欠滤波（这条是我猜的）。

我建议：
1、所有与PLC相连的设备外壳及内部明示的接地点，必须接地（可以多点接地），并保证等电位。
2、PLC电源加滤波器或隔离变压器。
3、模拟量模块信号输入口，并联1～10微法的电容（电压信号取小容量）。
4、给反馈信号加“中值滤波”（200版区有例子）。
5、变频器移至现场泵旁边，如果泵比较集中也可以集中成一个变频动力柜，否则可以每台变频器单独安装。现场可以配箱体，但必须保证防雨及通风。即便是现场安装，变频器进出线都应该配置滤波器。