PLC得电或由STOP模式切换到RUN模式时，CPU执行启动操作，清除没有保持功能的位存储器，定时器和计数器，清除中断堆栈和块栈的内容，复位保存的硬件中断等。此外还要执行一次用户生成的“用户启动组织块OB100”完成用户指定的初始化操作。以后PLC采用循环执行用户程序的方式，称为扫描工作方式。
执行OB100 之后循环处理各个阶段的任务:1.操作系统启动循环时间监控。2.CPU将过程映像输出区的数据写到输出模块。3.CPU读取输入模块的输入状态，并存入过程映像输入区。4.CPU处理用户程序，执行用户程序中的指令。5.循环结束时，操作系统执行所用挂起的任务，例如下载和删除块，接收和发送全局数据等。6.CPU返回第一阶段，重新启动循环时间监控。
循环程序处理过程可以被某些事件中断，如果有中断事件出现，当前正在执行的块被暂停，并自动调用分配给该事件的组织块。该组织块被执行完后，被暂停执行的块将从被中断的地方开始继续执行。