楼主的系统我弄不清楚，不过两台SLM共用一个直流母线时不可以将母线分离。
1.两条母线一条制动、一条电动时控制上将给系统带来的麻烦，电流采集是连个模块相加，逆变的那边即使电流很大，CU采集的结果是有小电流逆变。如果过热保护了还好，如果电流太大，IGBT很快就击穿了。
2.如果维修后一条母线短路（比如扳手乱放），预充电时电压检测将使保护直流电压减小一倍（直流采样也是叠加后平均的），你故障的母线不出大故障才怪呢！这个维护要求必然要提高。
3.都不说了，最重要的是你相当于两个整流器分别工作，共用同一电源。两个整流器中间没有任何解耦措施（如进线电抗器）。两边整流器谐波互相干扰，在两母线工作象限不同时影响尤为严重。烧个管子快熔不是什么不应该的事。

以上，用两个CU，加入解耦用的进线电抗器，可以。目前的想法，危险！！！
我刚来，你可能不信我，听听大家的吧。