我见过的是，有时工程文件发送时，会刻到光盘上，这样文件在拷贝下来就会变成只读的。

我又想起来一个可能原因：但和你的情况不符合。
如果自动运行，那么只有一个画面运行窗口，如果没有屏蔽掉ALT+F4键时，这个窗口是可以直接关掉的，但实际上项目没有退出，再次运行自动启动时就会出现自动启动设置对话框而不是运行项目，需要重启（或者手动关掉相关进程）才会有用，因此如果运行画面要加退出功能，必须DEACTIVEPROJECT才行。（可以自己制作退出按钮，屏蔽相关系统键，使用户必须经由退出按钮退出运行项目）


还有，整个拷贝项目时不要直接覆盖原目录，因为可能有些旧文件在里面而没被覆盖掉，所以先删除再拷贝。


我的感觉是，项目做好以后运行时通常不会有什么问题，虽然会随着时间变慢，但只要操作系统正常就会正常运行。