上次没仔细看题，解答错误，再来订正。
通过你的问题，可以得出以下结论：
1.C2的存续期，大于50ms，下面假设为500ms。
2.高速计数器已运行，但记录的脉冲数少于预期。
3.通过50ms的高速计数值，来判断脉冲传感器（编码器？伺服控制器？其它？应该说清楚）是否正常。
4.通过编程软件的状态表来进行判断（可能在实验室，程序短小，扫描周期可能少于1ms）

我认为：
1.脉冲数少，可能和接线、信号特性有关，可能本来就没几个脉冲，没准计的数就是干扰。这和你的脉冲传感器有关，是否适合并接。
2.假设计数正常，来分析结果产生的原因：
假设扫描周期为3ms，时间为理想状态。在C2到来时，记为0ms，VD500＝0msHC0值；第51ms时，T33 ON，VD500＝0msHC0，VD504＝51msHC0值；第54ms时，M3.1 ON，T33 OFF，执行后M3.1 OFF；第57ms时，VD500＝57msHC0值，VD504＝51msHC0值；然后是第108ms,......结果已出来，VD500和VD504记录的时间差不全在50ms左右。这就解释清楚了几个脉冲数和0脉冲数的问题。
3.M3.1多用，没必要。
4.VD504应送现在的VD504和VD500的差值，监控其差值就能得到想要的结果。
5.状态表取得的值同样有周期限制。

我没完成过项目，也没仔细看过别人的程序，错误难免，请用怀疑的态度来看我的答案。