预充电烧肯定发生在启动的时候。从你描述来看，烧的应该挺惨的，说明中间回路肯定有短路或者接地的地方，否则不会出大电流把预充电回路烧了。可以做以下检查：
1、制动单元坏了是可以导致这种现象的，此时你更应该关注，制动单元，特别还有的是制动电阻，仔细用万用表测量制动电阻阻值，观察变频器到制动单元、制动单元到制动电阻线缆是否有破皮之类的，有时候破皮会导致某个时刻发生短路、接地，因为制动单元不是一直在工作。
2、单独变频器的话应该是独立的制动单元，旁边是否有同功率的制动单元，可以考虑对换一下。换的时候尽可能把一套都换，电阻以及线缆，这样如果真不是这里问题，可以完全排除掉。
3、对于直流母线电容，既然已经去过西门子工程师，也已经用万用表量过了，说明里面应该肯定不至于有异物能短路直流母线，电容值正常，应该不会是电容导致的，电容是非常皮实的元器件，外观没有异样应该没问题。
4、没有详细描述工艺情况，最好考虑先甩掉制动单元和制动电阻工作一段时间观察，看能否从工艺角度考虑减少回馈制动的能量，让其不要报F006。
5、如果第4步做不到，那也至少再上电的时候要把制动单元甩掉，运行变频器没有问题后再挂上，千万别上来都直接恢复继续上电。