这种情况从你描述结构来讲，是不可避免的，首先因为是重力轴在急停生效后，轴会因电机失去使能而重力自然下滑，此时的下滑需要依靠抱闸或者外部制动环节来制动，你们的设备应该是依靠抱闸制动吧？然而抱闸制动毕竟是一个电制动过程，它生效需要有个短暂的时间，就这短暂的时间就会产生不小的偏移，然而，即使两个重力轴都带抱闸，也不会完全的制动效果一致，这种不一致超过一定范围就像楼主所述，一定要通过解开龙门结构后再进行调整，小的误差则会自动同步；个人意见该问题可以从两个方向缓解：1.机械平衡缓解，可以通过外部气压或液压来平衡两重力轴，该结构下，需单独调整运动时的平衡电流，此时的调整需要向上的力要稍大于重力，而且要通过高中低三个速度分别来调整一个合适的压力值，在此基础上，抱闸的信号需要几个条件均满足后可生效，一是伺服准备好信号，二是系统准备好信号在这两个信号满足时抱闸打开，否则抱闸关断，这种情况在实际有过成功的应用，基本可以回避楼主所述的现象；第二种方式，就是通过电器环节来控制，有通过外部电容（不受机床电路控制）来实现在特殊情况下工作，来给驱动一个充分的通断使能的一个时间，还有可以通过固态继电器来实现对抱闸信号的控制；

  以上，是本人个人想法，有些是经历，有些是理论，看看各位有没有更好的办法一起来讨论