楼主没有更换电机，就是换了个减速机，如果更换的是同型号的减速机，工况条件什么都没有变，我认为是不应该出现上述问题的，除非新换的减速机与原型号差异太大。

两台硬链接的主从电机，应该是使用的同一品牌规格型号的电机，励磁特性不应该出现明显的差异，再者电机的励磁特性怎么会与减速机有关呢？

所以我认为，楼主并没有找到系统工作不正常的真正原因，而原因很可能就是主电机，这完全可以从分别单独运行电机，并TRACE转速电流等参数做比对来发现问题。楼主交换了主从电机，便且取得明显效果就可以说明。

又不是新做设备，只是设备维护，不建议轻易去修改控制参数，在没找到确切原因之前，任何异常总是有原因的，我甚至认为楼主的CASE，更换减速机都是有些盲目了。

电机，减速机，驱动器，编码器可能都会有问题，是否仔细排查过？