protool是给是给西门子屏组态的（不需要授权），也可以给pc组态（但是需要另外授权），wincc是只能给pc组态的（需要根据点数和运行版或者完全版授权）。
相比之下protool一般只用来给屏组态，相对来说用起来比较简单，功能也弱很多，根据不同的屏支持不同的通讯方式，比如micro型的只支持pc/ppi，tp170a,b;270,370等等支持mpi，dp,还支持其他第三方协议等等。也可以将pc作为屏的一种来组态，所以根据不同的屏支持不同的下位机设备。
而wincc则是只能用在pc上组态的，并且只能用在windows平台下，支持的协议很丰富，功能强大，上至pcs7下至s7200全部支持，对于第三方设备可以通过添加驱动程序的方式，或者利用opc的方式实现互连。所以其是西门子HMI软件中的旗舰产品。
最近出现的WINCCFLEXIBLE其实可以看作PROTOOl的升级版本，它与WINCC名字相差不大，但是功能相差非常大。西门子预期在未来的某个时候将PROTOOL和WINCC两个HMI软件整合成一个那就是未来的WINCCFLEXIBLE，这是一个理想，在实现中。