刚刚注意到此问题。很好的问题。要是能把F015的含义表明就好了，手头没有手册，所以，无法查证。
但是，关于带编码器闭环反馈控制，做自识别不能通过的问题，是大家经常遇到的，其实已经有结论了，没别的原因，就是干扰。解决了干扰，自识别即可pass。那么为什么加了一个编码器的模板，就很顺利地通过自识别呢？原因也很简单，就是模板对编码器的输入信号，支持差分输入，而差分输入的编码器信号具有较强的抗干扰性。仅此而已。
海牛说的很对，编码器的电源要用15V的。这是老生常谈了，有助于编码器的信号提高抗干扰能力。
对于楼主的第一个问题，很明显，系统存在严重的噪声干扰，以至于对装置的CPU产生影响，使内部的参数化设置有改变。造成系统工作不正常，重新“格式化”就OK了。这种现象比较典型，就是干扰所致。EMC做得不到位！