哈哈，看到你这个题目以后我就笑了。
今年我参加了一个工程，碰到有五六台机子是这样的问题，折磨了我们很久。我们首先想到的是干扰问题，和楼主一样你的方法我们尝试了，但问题还是存在。
实际上他主要是电机的冷却风机引起的，我们把风机拆下来以后，问题就没有了，在风机旋转的情况下，我们往上一装问题马上就出现了（我们也排除了是风机对编码器的干扰）。最关键的问题还是编码器的安装方式有问题，风机一吹，编码器就震动。另外风机本身的震动可能也有一点关系。固定编码器的连接杆和风机的一个固定处是连接在一起的。我们在减少了各种震动以后问题基本解决。其中有一台实在太严重了，我们也像楼上一样当电机停止以后把信号屏蔽掉。
不知道你的情况和我的是不是一样，我想这种编码器的安装连接方式有很大的缺陷。