问题提的很好！
现在的变频器几乎全是采用IGBT功率器件组成的逆变器作为输出，输出波形尽管是正弦波，但是含有大量的谐波分量（和书中讲的一样），正因为如此，在变频器的手册中总是推荐使用输出滤波电抗器。也算是对电机的一种保护措施吧。另外，采用变频调速，一般选择调频专用电机也是为了适合变频器输出波形的特点。都是为了可靠。因此，你提出的“是不是因为变频器输出高阶谐波有时候会很高而击穿电机线圈的一两根线呢？”的问题时对的。这也是我的看法。尽管我使用的交流变频调速系统没有使用过输出滤波电抗，但是我使用的电机都是调频电机。现在的国产电机一般的绝缘等级都能适应变频器控制，被谐波电压击穿的很少听说，但是确有这种危险存在。
关于变频器输入输出缺相，一般的变频器都有这种自诊断功能，出现故障会立即报警保护，应该能够快速封锁装置，保护电机因过流而烧毁。另外，在设计系统的时候，也必须要考虑各种危害装置和电机的故障监测、保护功能与措施。这是系统安全运行的必不可少的基本条件。
参考。