wincc flexible的内部警告有时并不是工程组态有问题，也可能是wincc flexible软件的缺陷造成。特别是使用的wincc flexible没有打补丁包（例如wincc flexible 2005 SP1）而画面又比较复杂，则更容易出现内部警告。
以下是我常用的解决办法，你可以试试：
将工程文件夹下的除工程文件（一个以工程名称为文件名的.hmi文件，一般比价大）以外的其他文件都删除掉（那些只是编译工程产生的临时文件），然后再次打开工程，之后使用“检查一致性”或“模拟运行”功能重新编译整个工程，重新编译需要的时间较长，建议打开“输出窗口”观察编译进度。我遇见的大多数“内部警告”的问题都可以如此解决。（注意删除前做好备份工作）
另外建议使用集成了补丁包的版本，例如wincc flexible 2005 SP1。自从我用了SP1版，已经很少出现内部警告了。