两者属于不同的教育体系。工程硕士教育侧重于工程素质培养和工程实践能力训练；工学硕士是我们一般所说的统招工科类研究生，侧重于基础理论学习和学术研究。
首先工学硕士，授予工学硕士学位，一般为公费，现在改革了大部分学校没有公费自费之分，但工学奖学金较多，就算自费，最贵不超过1万8千元人民币；而工程硕士即使双证学费是4万，还有住宿费，书本费，开销不小。其次，工学硕士就计算机而言分数较高，像北航之类的通常比国家线高30分算正常，有时会高50分，工程硕士分数可能相对低一些，看报考的人数了。再次，计算机工学招生人数相对少，工程硕士招生人数多。再次，工学计算机研二通常在实验室实习，工程硕士通常到公司实习。最后，企事业单位对工学硕士的认可度较好，如果去外企或软件公司工程硕士也受欢迎。