现有这样一个问题，需要使用PTO0的脉冲输出控制步进电机，并用旋转变压器确定位置。需要做位置闭环，思路是这样的：首先获得指令，计算出脉冲个数，在脉冲输出结束后产生中断事件，在中断处理程序中，首先延时100ms，然后采样旋变的电压，AD后得到末端位置，与目标作比较，得到位差，继续输出补偿脉冲，在中断后再循环上面的过程，直到位置误差小于设定值。
问题如下：
中断程序的处理应放在主程序中还是调用子程序？如果放在主程序中，通过在中断中置位标志位的方法，发现如果在主程序的末尾复位标志位的话，中断的置位命令无效，标志位总为OFF；如果不复位标志位，则中断处理程序总被激活。

高人，这该如何是好？